En virtud de ello, se dio inicio a una serie de represalias en su contra y de los demás miembros del Comité de Derechos Humanos , es así como fue víctima de amenazas en varias ocasiones, un allanamiento ejecutado por las fuerzas militares en su lugar de residencia, una detención arbitraria , señalamientos públicos realizados por miembros de las fuerzas militares que lo acusaban de pertenecer a la estructura urbana del ELN y se le iniciaron varias investigaciones judiciales por las conductas de rebelión y terrorismo .

La persecución y hostigamiento contra Zapata Hoyos fue puesta en conocimiento de las autoridades civiles, judiciales y de control, así como de la comunidad internacional, específicamente ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos en su última visita in loco a Colombia en diciembre de 1997. Dado el inminente riesgo en que se encontraba la vida, integridad y libertad de Jesús Ramiro Zapata, la Comisión solicitó al gobierno colombiano fuesen adoptadas medidas cautelares para la protección de su vida e integridad personal, desde el 11 de febrero de 1998.

A pesar de ello, el Estado Colombiano no adoptó las medidas conducentes, idóneas y eficaces para proteger y salvaguardar la vida e integridad personal de este defensor de derechos humanos, por lo cual se endilga su responsabilidad internacional en el Sistema Interamericano.

8.2 Trámite del Caso ante el SIDH:

El 6 de Junio del año 2000, el Colectivo y el CEJIL, presentaron una denuncia ante la Comisión Interamericana, por los hechos relatados en líneas anteriores. El 11 de Octubre del año del 2000, el Estado colombiano presentó sus observaciones. FALTA: escrito oficina de abogados en Washington y solicitud de info reciente por la CIDH Hasta el momento no se ha definido la admisibilidad del caso por la Comisión Interamericana.